Con casi 9.481 socios y con el aforo del Estadio Arcángel ampliado a 19.000 espectadores se inició una temporada en la que el Córdoba soñaba con afianzar su destino en la máxima categoría del fútbol nacional. Con la llegada de hombres como Egea, Marañón o Mingorance, el Club comenzó la 1962-63, su primer año en Primera, con una victoria en casa ante el Real Valladolid, al que derrotó por 1-0. Juanín fue el artífice del primer tanto cordobesista en la Primera División.
Con José Salinas en la presidencia y Roque Olsen en el banquillo, el Córdoba comenzó su andadura con una plantilla plagada de grandes jugadores, y muchos jóvenes con ganas de triunfar. En la portería, Benegas era el referente, acompañado de García, Piñol y Paquillo; Como defensas, Simonet, Mingorance, Martínez Oliva, Moya, Gómez y Navarro; en el mediocampo Martínez, Marañón, Ricardo Costa, Martí y Egea; y en la delantera Riaji, Blanquera, Manolín Oviedo, Juanín, Miralles, Vázquez, Homar, Paz, Llorens, Castaños, Soler y Espinosa.
La primera temporada en la élite dejó varios datos para la historia, como la primera victoria a domicilio, que llegó en Zaragoza el 21 de octubre de 1962. El Córdoba se impuso 1-3 al conjunto maño con dos goles de Soler y uno de Marañon. También quedará la primera derrota del Córdoba en El Arcángel ante el Athletic Club de Bilbao, histórico de nuestro fútbol, que ganó por un ajustado 1-2.
La temporada dejó también el debut del cordobesista Mingorance con la selección española, en junio de 1963, en un encuentro ante Escocia.
El curso futbolístico concluyó con el Córdoba en la 12ª posición, a pesar de que durante toda la temporada militó en el puesto 9º. Fue por culpa de tres derrotas consecutivas, ante Real Madrid, Barcelona y Málaga, por las que el Córdoba cayó a la duodécima posición. No obstante, como colofón a la temporada, regaló a la afición cordobesista una “manita” al Elche. 5-0 para cerrar el año.
Que el Córdoba se perfilaba como un equipo con ganas de ser grande no pasaba desapercibido para nadie, ni siquiera de manera internacional. El Córdoba a punto estuvo de realizar una gira por los Estados Unidos, aunque esta se suspendió por problemas logísticos. También se barajó la posibilidad de disputar en Italia un amistoso ante el AC Milán, un encuentro que finalmente no cristalizó.
La temporada 1963-64 estuvo marcada al final por un trágico accidente en el que perdieron la vida once cordobesistas que se dirigían al estadio para ver el último partido de liga que el equipo jugaba en el Arcángel ante el Levante. El autobús sufrió una avería en marcha y cayó al río Guadalquivir desde la Ribera. Sólo dos personas sobrevivieron.
El canario Rosendo Hernández llegó desde la UD Las Palmas para dirigir al primer equipo cordobesista, ante la marcha de Olsen. Hernández pasará a la historia por ser uno de los grandes entrenadores que confiaron en la cantera para un proyecto ganador.
Ese año, el Córdoba iba a concluir la liga 11º clasificado, con 10 encuentros ganados, 6 empates y 14 derrotas. Era un año en el que los cordobesistas habían permanecido en la zona tranquila de la tabla durante prácticamente la totalidad de la temporada.