En 1957-58, en una temporada donde se cimentaron los mimbres para poder optar al salto a la Primera División, el club cayó en una crisis deportiva e institucional que a punto estuvo de acabar con el descenso del equipo. Hasta tres presidentes (José Barrena, José Luís Fernández de Castillejo y Alfonso Cruz Conde) pasaron por el sillón presidencial durante la misma temporada. En el mismo año donde el equipo acabó 9º clasificado, se acabó un récord. Y es que el Córdoba llevaba casi tres años sin perder en casa. Lo haría ante el Real Betis por 0-2. El equipo comenzó entrenado por José Juncosa, que dimitió en noviembre del 57 para que Roque Olsen, jugador en aquel momento, se hiciera cargo del equipo de manera temporal.
El Córdoba siguió creciendo en la temporada 1958-59, primer año en el que el conjunto cordobesista participó en la actual Copa de S.M. El Rey, entonces llamada “Copa del Generalísimo”. Baracaldo y Valencia fueron sus adversarios. También crecieron las infraestructuras del Estadio Arcángel, que estrenó iluminación el 29 de agosto de 1959.
La 1958-69 dejó también para la historia la primera edición del Trofeo Arcángel, que enfrentó al Córdoba, Sevilla y Berliner Borussia alemán. El Córdoba vapuleó a Sevilla (6-2) y al Borussia (8-1) y se adjudicó su trofeo.
Muy mal lo pasó esa temporada el Córdoba CF, que se salvó del descenso en la última jornada en Alicante frente al Hércules. López consiguió el definitivo 1-1 con el que el conjunto cordobesista certificaba la permanencia.